Nadiem Anwar Makarim lahir di Singapura hasil hubungan perkahwinan antara Nono Anwar Makarim, seorang aktivis dan peguam terkemuka yang berketurunan Minang-Arab, dan Atika Algadri seorang penulis lepas dan anak kepada Hamid Algadri, salah seorang perintis kemerdekaan Indonesia.[5]

Nadiem menjalani proses pendidikan dasar hingga SLTA berpindah-randah dari Jakarta ke Singapura. Sehabis menyelesaikan pendidikan SMA-nya di Singapura, pada tahun 2002 beliau mengambil jurusan Hubungan Internasional di Brown University, Amerika Syarikat.[6] Nadiem sempat mengikuti pertukaran pelajar di London School of Economics.[7]

Setelah memperoleh ijazah sarjananya pada tahun 2006, beliau mengambil pengajian pasca-sarjana lalu meraih ijazah Master of Business Administration di Harvard Business School tiga tahun kemudian .[8]